کاپیتان تیم ملی فوتبال ایران در دیدار پنجشنبه شب مقابل برزیل، در 16 خرداد سال 1372 و در حالیکه تنها 19 سال و 106 روز سن داشت، برای نخستین بار پیراهن تیم ملی کشورمان را در دیدار با پاکستان در چارچوب رقابت های جام اکو برتن کرد.

آن مسابقه در ورزشگاه آزادی برگزار شد و ایران با نتیجه 5 بر صفر از سد پاکستان گذشت، مسابقه ای که باقری نخستین گل ملی اش را به ثمر رساند. جواد زرینچه، حمید درخشان، صمد مرفاوی و مجید نامجومطلق گل‌های دیگر تیم ملی را به ثمر رساندند.

مطمئنا اگر باقری به بازی‌های ملی اش ادامه می داد می‌توانست امروز از نظر بازی و گل ملی در جایگاه‌های بالای رده بندی‌های آماری جهانی قرار بگیرد زیرا در آن سال ها میانگین گل زده اش در هر بازی معدل 59/0 گل در هر بازی بوده است. وی پس از شش سال و یازده ماه و 24 روز(2549) دوری از تیم ملی بالاخره تصمیم گرفت به فوتبال ملی بازگردد

دیدار تدارکاتی ایران برابر قطر با هدایت علی دایی، نخستین مسابقه ای بود که کریم باقری پس از بازگشت به تیم ملی در آن حضور یافت. وی به ترتیب در بازی با امارات در مرحله مقدماتی جام جهانی، بازی تدارکاتی برابر چین، دیدار با سنگاپور و تایلند در مرحله مقدماتی جام ملت‌های آسیا و دیدار با کره جنوبی در مرحله مقدماتی جام جهانی حضور یافت.

باقری به علت مصدومیت در تاریخ سوم خردادماه سال 1388 و پیش از سه دیدار حساس پایانی مرحله مقدماتی جام جهانی 2010 برابر کره شمالی، امارات و کره جنوبی از شرکت در اردوی تیم ملی انصراف داد. این بازیکن در حضور دوباره اش در تیم ملی 3 گل دیگر برای تیم ملی ایران به ثمر رساند و تعداد گل‌های ملی اش را به 50 گل رساند.

کاپیتان تیم فوتبال پرسپولیس تهران همچنین آمار بیشترین گل زده در یک دیدار ملی در ایران را به خود اختصاص داده است. وی در دیدار ایران با مالدیو در مرحله مقدماتی جام جهانی که سی و یکمین دیدار ملی اش بود، به تنهایی 7 گل از 17 گل تیم ملی را به ثمر رساند.

مرد شماره شش خط میانی ایران در این مدت 32 بازی در مرحله مقدماتی جام جهانی، 3 مسابقه در رقابت های جام جهانی، 12 دیدار در مرحله مقدماتی جام ملتهای آسیا، 10 بازی در جام ملتهای آسیا، 11 مسابقه در بازی های آسیایی، 11 دیدار دوستانه و 8 بازی در تورنمنت های مختلف با پیراهن تیم ملی کشورمان انجام داده است.

از سوی دیگر وی در این مدت به ترتیب در تیم های باشگاهی تراکتورسازی تبریز، کشاورز تهران، پرسپولیس تهران، آرمینیا بیله‌فلد آلمان، النصر امارات، چارلتون انگلیس، السد قطر و پرسپولیس تهران به میدان رفته است

وی در پایان لیگ نهم به عنوان بازیکن اخلاق ادوار رقابت‌های لیگ برتر باشگاه‌های کشور انتخاب شد. این بازیکن عنوان بهترین بازیکن سال 1387 ایران و بازیکن اخلاق لیگ هشتم را هم به خود اختصاص داده است.

کریم باقری کاپیتان تیم فوتبال کشورمان در دیدار با برزیل هشتاد و هفتمین و آخرین بازی ملی اش را انجام داد و همچنان با 50 گل زده ملی، لقب گلزن ترین هافبک ایران را در اختیار دارد. از نخستین بازی ملی باقری برابر پاکستان تا آخرین دیدار برابر برزیل 6315 روز زمان سپری شد که از این حیث هم باقری رکورد دار است.

در رده بندی گلزنان فوتبال ملی کشورمان هم پس از علی دایی با 109 گل زده، کریم باقری با 50 گل زده، علی کریمی با 35 گل زده، جواد نکونام با 25 گل زده، غلامحسین مظلومی و فرشاد پیوس با 19 گل زده و علی اصغر مدیر روستا با 18 گل زده در رده های دوم تا ششم قرار گرفته اند.