مهدوی کیا پس از درخشش در مسابقات جام جهانی 1998 فرانسه از تیم پرسپولیس به تیم بوخوم پیوست. این بازیکن ایرانی در تاریخ 16/03/1999 برای نخستین بار در هفته نوزدهم رقابت های آن فصل بوندس لیگا برابر هامبورگ به میدان رفت. وی که در دقیقه 66 جانشین زدراوکو درینسیچ(Zdravko Drincic) شده بود، در دقیقه 81 گل دوم تیمش را به ثمر رساند تا نقش مهمی در پیروزی 2 بر صفر بوخوم برابر هامبورگ ایفا کند.

مرد شماره 2 تیم ملی فوتبال کشورمان در تاریخ 01/05/2005 و در دیدار وولفسبورگ برابر هامبورگ که با برتری یک بر صفر تیم میزبان به پایان رسید، در دقیقه 69 با دریافت کارت زرد دوم از زمین مسابقه اخراج شد، این نخستین کارت قرمز وی در این رقابت ها محسوب می شود. وی همچنین در تاریخ 23/09/2006 و در دیدار هامبورگ برابر وردربرمن، پس از اینکه در دقیقه 69 پاس گل تساوی تیمش را برای باستین راینهارد ارسال کرد، در دقیقه 74 با دریافت کارت قرمز مستقیم از زمین مسابقه اخراج شد که این آخرین کارت قرمز این بازیکن در این سالها محسوب می شود.

آمار حضور مهدی مهدوی کیا در مسابقات بوندس لیگا به شرح زیر است:
1999-1998: بوخوم: 12 بازی، 3 گل، 2 پاس گل و یک کارت زرد
2000-1999: هامبورگ: 29 بازی، 4 گل، 8 پاس گل و یک کارت زرد
2001-2000: هامبورگ: 29 بازی، 5 گل، یک کارت زرد
2002-2001: هامبورگ: 11 بازی، یک گل، 3 پاس گل و یک کارت زرد
2003-2002: هامبورگ: 26 بازی، 2 گل و 14 پاس گل
2003-2002: تیم آماتور هامبورگ: 2 بازی
2004-2003: هامبورگ: 32 بازی، 5 گل، 8 پاس گل و یک کارت زرد
2005-2004: هامبورگ: 26 بازی، 2 گل، 2 پاس گل و یک اخراج(با دریافت 2 کارت زرد)
2006-2005: هامبورگ: 31 بازی، 5 گل، 5 پاس گل و 3 کارت زرد
2007-2006: هامبورگ: 27 بازی، 2 گل، 3 پاس گل، 4 کارت زرد و یک اخراج مستقیم
2008-2007: اینتراخت فرانکفورت: 20 بازی، 2 پاس گل و یک کارت زرد
2009-2008: اینتراخت فرانکفورت: 6 بازی